Для ввода серийного номера лицензии :
Запустите апплет панели управления: Пуск\Панель управления\КриптоПРО CSP
На вкладке "Общие" нажмите на кнопку "Ввод лицензии "
Подробнее про ввод лицензии через КриптоПРО PKI можно посмотреть в документации:
2.3. Ввод серийного номера лицензии криптопровайдера «КриптоПро CSP»
http://www.cryptopro.ru/sites/default/files/docs/instruction_manual_csp_r3.pdf#page=10